De acuerdo con varios biógrafos, la respuesta es sí. Alberto Gloria Zavala, cronista de Dolores Hidalgo, y quien murió en 2009, aseguraba que Don Miguel Hidalgo tuvo cinco hijos (Agustina, Mariano, Lino, María Josefa, Micaela y Joaquín). De éstos, se sabe que dos fueron con Doña Manuela Reyes Pichardo - según algunas fuentes nacieron en la ciudad de León y otras señalan que en Valladolid (hoy Morelia) - , y dos más con Doña Josefa Quintana Díaz de Castañón en San Felipe. El último de sus hijos, Joaquín lo habría tenido con Bibiana Lucero, en Guanajuato. Todos fueron hijos reconocidos. Sin embargo, su paternidad nada tuvo que ver con que la iglesia lo excomulgara. Según la investigación de Gloria Zavala, el 24 de septiembre de 1810 el antes amigo de Hidalgo, Manuel Abad y Queipo, obispo electo de Michoacán, publicó un rescripto calificando al Padre de la Independencia y a sus seguidores como perturbadores de la paz pública, y declarándolos excomulgados por tal razón. Si no hubiera sido excomulgado no habría podido ser fusilado, lo mismo sucedió con José María Morelos. La ley prohibía el fusilamiento de sacerdotes. En el edicto de excomunión se lee: "Miguel Hidalgo y Costilla sea condenado. Que todos los ángeles, príncipes poderosos y todas la huestes celestiales le maldigan (...)". Sin embargo, en 1985 la misma iglesia que lo maldijera le retiró la excomunión a él y a sus seguidores.

Fuente:
Revista MUY Especial (Secretos de México), Año XXVI, No. 57