Tuvo sus origenes en una idea del profesor William E. Gordon, de la Universidad de Cornell, quien estaba interesado en el estudio de la Ionosfera. La persistencia de Gordon, culmino en la construccion del Observatorio de Arecibo (AIO), la cual comenzo en el verano del aņo 1960. Tres aņos mas tarde, estaba en operaciones, bajo la direccion del propio Gordon. La ceremonia de apertura oficial, tuvo lugar el 1 de noviembre de 1963.
Las facilidades del Observatorio de Arecibo estan disponibles para su uso, en una base de igualdad competitiva para los cientificos de todas partes del mundo. El tiempo de observacion es concedido basado en las investigaciones mas prometedoras; cada aņo, cerca de 200 cientificos visitan las instalaciones para llevar a cabo sus proyectos de investigacion y un numero grande de estudiantes, realizan trabajos que los conducen a sus tesis de maestria y doctorado.
Esta abierto al publico en general, ofreciendose un area interactiva con experimentos cientificos y charlas explicativas en ingles y espaņol.