Zakynthos ist die südlichste der Ionischen Inseln. Zur nördlichen Nachbarinsel Kephalonia sind es 15 km. Zakynthos liegt der Nordwestspitze des Peloponnes gegenüber, 18 km vom Hafenort Kyllini entfernt. Der geringste Abstand zur Küste der Peloponnes beträgt gerade einmal 9,5 km. Die Insel hat eine Fläche von 417 km² bei einer Länge von 40 km und einer Breite von 20 km. Sie hat die Gestalt eines Ovals mit einer nach Nordosten (Kap Schinari) gerichteten Spitze und einem tiefen Einschnitt im Südosten (Bai von Chieri), ist vulkanisch, den Erdbeben sehr ausgesetzt, wasserarm, im Osten flach, im Westen und Norden aber durch eine Kette von Kalksteinbergen gebirgig. Der höchste Berg ist der Vrachionas mit 758 m Höhe. Die vom Aussterben bedrohte Unechte Karettschildkröte (Caretta caretta) nutzt die Strände im Süden der Insel als Nistgebiet. Ab Anfang Juni kommen die weiblichen Tiere an die südlichen Strände, um in der Nacht ihre Eier im Sand zu vergraben. Die geschlüpften Jungen machen sich sofort auf den Weg ins offene Meer. Es ist sehr wichtig, die Gelege zu schützen, da die Überlebensrate der Jungen sehr gering ist. Ein bis zwei Schildkröten schaffen es aus ca. 1000 Eiern. Um diese Schildkröten zu schützen, sind motorisierte Wassersportarten an manchen Stränden nicht erlaubt.