За този манастир има сведения, че е съществувал още през 1572г. със съществуващо училище за монаси, както и писменост. Stefan Gerlakh, който е посетил манастира през 1575г. има написан наратив, както за монасите, така и за манастира. Има и други писмени материали за манастира датиращи от 1623, 1684 и 1689 година. Бива унищожен за втори път, но пак възстановен. През 1824 година Захари Княжевски подарява на манастира цял товар книги, донесени от Русия, създавайки първата в България обществена библиотека. Книгите са били докарани с десет каруци теглени от волове, пакетирани в 40 кашона. Веднага бива създадено училище за момчета, последвано от училище за момичета и неделно училище. През 1870 година училището е било обявено за прогимназия. По време на Руско-Турската война за освобождението на България, при отстъплението си, турците опожаряват манастира и библиотеката му. Само каменната църква и част от жилищните сгради са устояли на огъня. Още на следващата година (1879) започва възстановяването на манастира с доброволен труд на хората от околностите. Поради липса на парични стредства, манастирът не е бил възстановен напълно. Някои от сградите са останали без прозорци. Довършителна работа започва отново след 1950 година, до привършването й, няколко години по-късно и манастира добива сегашния си вид.
За още информация относно Мъглишкият манастир, моля кликнете на тази връзка:[ http://www.journey.bg/bulgaria/bulgaria.php?guide=1170