Cronologia: (...) 1859 - aterro que fez recuar o Tejo defronte da fachada sul do Mosteiro; 1863 - decreto de D. Luís para instalação do Museu de Marinha nos antigos dormitórios; 1865 - 1868 - construção dos portais e torreões extremos no corpo sul; 1877 - 1878 - abertura de rosácea no coro-alto, construção da cúpula mitrada sobre a torre da igreja, alteamento do nicho sobre o portal sul, levantamento do corpo central de Rambois e Cinatti, com três pisos coroados por grande coruchéu; (...)