Calixtlahuaca fue habitada en la época agrícola aldeana (Preclásico, 1000 a.C). Durante esta época sus habitantes ocuparon básicamente la parte baja del valle y, de acuerdo con los restos arqueológicos, vivían en casas de materiales perecederos agrupadas en pequeñas aldeas. Subsistieron gracias a la agricultura, caza, pesca y recolección de plantas comestibles.