De westvleugel van het Klooster is in 2000-2001 aangebouwd onder leiding van de Deense architect Johannes Exner.
Het oorspronkelijke kloostercomplex 'Apell' werd gerealiseerd tussen 1465 en 1561 door de broeders
van de Orde van het Heilig Kruis. Het omvatte ook een poortgebouw, watermolens, een perkamentshuis en gastenverblijven.
In 1988 werd het kloostergebouw aangewezen tot kernmuseum voor religieuze kunst en kerkelijke geschiedenis.
Sinds 1992 behoort Klooster Ter Apel tot de UNESCO Top 100 van gebouwen in Nederland, beschermd door het internationaal recht.