Djurgårdsstadens första bebyggelse uppfördes 1668 då Amiralitetet här anlade en vårdinrättning för flottans manskap. Drottning Kristina hade redan 1646 skänkt en tomt på Ladugårdslandet till Amiralitet för inrättningen men tomten byttes mot platsen nedanför Skansenberget. De första byggnaderna bestod av fjorton små stugor timrade på Åland och placerade kring en öppen plats ungefär där den nuvarande korsningen mellan Djurgårdsvägen och Allmänna Gränd ligger. För inrättningens räkning anlades 1675 en kyrkogård men redan fem år senare flyttades Amiralitet till Karlskrona. Kronan behöll dock området. Utanför kronans område tillkom i slutet av 1600-talet ett hovjägarboställe på en tomt som kommit att kallas Apotekaretomten (Djurgårdsslätten 74). Bostadshuset utdömdes 1827 då det var förfallet och ersattes med det nuvarande huset som flyttades från Ryssviken.

År 1724 anlade Johan Lampa ett litet Skeppsvarv på amiralitetsområdet, vilket övertogs och utökades av Ephraim Lodsachs 1735. Amiralitetet delade då upp området i gator och kvarter efter en plan som stadsingenjör Petter Tillaeus upprättat 1736. Planen följde i stort de redan befintliga gatorna, ett gatunät som finns kvar än idag. Ett betydande antal stugor uppfördes för hantverkare knutna till varvet. De utgör än idag stommen i Djurgårdsstadens trähusbebyggelse. Inom Djurgårdsvarvet, som det kom att kallas, byggdes två stenhus, nuvarande Apotekshuset, som var bostad för varvsägaren, och nuvarande Järnvågshuset, som var varvets kontor och kyrka. Bägge husen är välbevarade med putsade fasader, brutna tak och delvis bevarade originalinredningar som snickerier samt väggmålningar i Apotekshuset och kryssvalv i kyrksalen i Järnvågshuset. Under 1800-talet på- och tillbyggdes omkring hälften av timmerstugorna i Djurgårdsstaden. På gårdarna byggdes uthus och mot gatorna plank. En del nybebyggelse tillkom omkring 1830, som Djurgårdsvarvets logementsbyggnad på den igenlagda kyrkogården och Djurgårdskyrkan. Trots förbudet mot trähus inom Stockholms stad byggde man både om och nytt. År 1849 undantog dock Politi-, Embets- och Byggnings Collegium bland annat Djurgårdsstaden från förbudet att bygga trähus. Orsaken var att man tidigare inte respekterat förbudet. Dessutom låg de undantagna områdena utanför den tättbebyggda delen av staden. Djurgårdsstaden hade fram till mitten av 1800-talet varit ett socialt homogent samhälle, helt knutet till områdets varvsverksamhet. Detta luckrades upp mot slutet av århundradet då andra verksamheter etablerades. År 1863 upphörde Djurgårdsvarvet och staden övertog området. Stadens järnvåg flyttades dit från Slussen, på grund av byggandet av sammanbindningsbanan mellan Södermalm och Norrmalm.

Djurgårdsstaden förvärvades 1922 av marinförvaltningen, som planerade en utökning av Galärvarvet på området och bebyggelsen genom rivning av bebyggelsen. Planerna kom inte att förverkligas tack vare beslutet att flytta varvet till Muskö. 1954 övertog dåvarande Byggnadsstyrelsen förvaltningen av området och en bevarandeplan upprättades året därpå. Byggnaderna byggnadsminnesförklarades i etapper mellan 1935 och 1971. Under 1960- och 1970-talen rustades de omoderna trähusen, varvid flertalet uthus och en del bostadshus revs och ersattes med kopior eller pastischer. Stockholms stad övertog den statligt ägda delen 1985 och är idag ägare till större delen av Djurgårdsstaden.

information: Bebyggelseregistret