A capela-mor encontra-se dividida, a meio, por colunas duplas compósitas, contendo um retábulo com trono e colunas que apoiam os vestígios do antigo grupo escultórico. O teto do templo é em falsa abóbada de berço, decorado a manganês e ocre mediante a técnica do esponjado. A igreja possui, ainda, uma cripta, também ela abobadada, com lambril de azulejos, e onde se encontram os túmulos de D. João de Castro, capelão de D. João.
